Działalność w segmencie operacyjnym skoncentruje się w nadchodzących latach na efektywnym wykorzystaniu rozbudowanych, w ramach zakończonego z sukcesem programu inwestycyjnego, mocy rafineryjnych. Ponadto planowane jest zakończenie prac umożliwiających zastosowanie gazu ziemnego, jako paliwa technologicznego w instalacjach, co pozytywnie wpłynie na poziom emisji gazów cieplarnianych oraz uwolni dodatkową pulę produktów naftowych, które będą mogły być skierowane na rynek.

Spółka przygotowuje się także do zrealizowania w 2013 r. postoju remontowego, czyli zatrzymania instalacji podstawowych i pomocniczych do okresowego przeglądu, czyszczenia, napraw i wymian urządzeń, przeglądów dozorowych i wymian katalizatorów.

Z punktu widzenia działalności rafineryjnej najważniejsze obecnie wyzwania związane są z tzw. pakietem energetyczno-klimatycznym. Akty prawne składające się na ten pakiet wprowadzają kompleksowe podejście do zarządzania emisjami gazów cieplarnianych w całej Unii Europejskiej i mają doprowadzić do osiągnięcia przez UE celów związanych z przeciwdziałaniem zmianom klimatu przyjętych przez Radę Europejską w marcu 2007 r. Wdrożenie wymogów dyrektywy 2010/75/WE z 24 listopada 2010 r. w sprawie emisji przemysłowych oraz trwający obecnie przegląd dokumentów referencyjnych BREF i zapisów zawartych w nich BAT może wymusić zmianę zapisanych w pozwoleniu zintegrowanym wartości maksymalnych stężeń zanieczyszczeń emitowanych z pieców technologicznych.

W 2012 r. istotne dla sytuacji Grupy LOTOS będą nowe ramy prawne związane z realizacją NCW, a także planowane do wprowadzenia regulacje prawne związane z implementacją dyrektyw pakietu klimatycznego, jak nowelizacja prawa energetycznego, nowelizacja ustawy biopaliwowej czy też ustawa o odnawialnych źródłach energii. Spodziewane jest również  wprowadzenie nowych rozwiązań podatkowych od wydobywania kopalin, co w istotny sposób może wpłynąć na wyniki segmentu wydobywczego.

W zakresie wprowadzania odnawialnych źródeł energii w transporcie, Grupa LOTOS będzie wykonywała NCW na przewidzianym w obowiązujących regulacjach ustawowych poziomie. Wprowadzenie oleju napędowego z 7% domieszką biokomponentów pozytywnie wpłynie na zmniejszenie kosztów związanych z realizacją tego obowiązku ustawowego.

Z powodu wprowadzonych rozwiązań prawnych umożliwiających redukcję NCW, wydaje się prawdopodobne, iż znaczna liczba podmiotów skorzysta z uprawnień ustawowych, co będzie skutkowało mniejszą ilością biokomponentów i biopaliw wprowadzonych na rynek w 2012 r. w stosunku do 2011 r. Może to wpłynąć pozytywnie na ceny paliw, gdyż zmniejszą się naciski kompensowania wysokich cen biokomponentów dodawanych do paliw.

W kolejnych latach będą kontynuowane rozpoczęte w 2011 r. inwestycje. Do najważniejszych spośród nich należy zaliczyć:

• budowę instalacji wydzielania ksylenów i rozdziału reformatu: wydzielanie frakcji ksylenowej z reformatu pozwoli na zmniejszenie zawartości węglowodorów aromatycznych w benzynach silnikowych komponowanych w rafinerii, co jest zgodne z ograniczeniami wynikającymi z obowiązujących norm oraz trendami dotyczącymi ochrony środowiska. Sprzedaż ksylenów uzupełni lub zastąpi sprzedaż reformatu, która jest obecnie metodą zmniejszania zawartości węglowodorów aromatycznych w produkowanych benzynach,
• wymianę pieców w instalacji ekstrakcji furfurolem oraz w instalacji hydrodsiarczania i rozdziału benzyn: celem obu projektów jest zwiększenie sprawności energetycznej i podniesienie poziomu bezpieczeństwa instalacji oraz całej rafinerii,
• doprowadzenie do rafinerii wysokociśnieniowego rurociągu gazu ziemnego: projekt ma na celu przyłączenie rafinerii do sieci gazu ziemnego wysokiego ciśnienia i wykorzystywanie gazu, jako surowca do produkcji wodoru oraz jako paliwa w rafineryjnej sieci gazu opałowego i zakładowej elektrociepłowni; zastosowanie gazu ziemnego wydatnie zmniejszy emisję gazów (CO₂, SO₂, NOx) oraz pyłów do atmosfery,
• budowę instalacji odzysku gazów z pochodni: projekt ma na celu redukcję emisji zanieczyszczeń gazowych do środowiska oraz zmniejszenie energochłonności zakładu. Będzie polegał na zbudowaniu instalacji zawracającej część gazów z rurociągu zrzutowego do systemu gazu opałowego rafinerii i używanie go do opalania pieców technologicznych,
• hermetyzację zbiorników oczyszczalni ścieków – II etap: projekt jest kontynuacją inwestycji zrealizowanej w latach 2009-2010; ma na celu zmniejszenie uciążliwości zapachowej dla środowiska poprzez zamknięcie przestrzeni powietrznej zbiorników otwartych oczyszczalni ścieków i utylizację odgazów na biofiltrach.

Najważniejszymi nowymi inwestycjami rozpoczętymi i realizowanymi w 2012 r. są:

• budowa instalacji VRU na kolejowym froncie nalewczym w Gdańsku: projekt ma na celu zbudowanie instalacji odzysku oparów powstających w trakcie nalewu produktów i zwiększenie zdolności przerobowej istniejącej instalacji VRU. Wynika on z przewidywanego wzrostu nalewów oraz z przepisów prawa ochrony środowiska, które nakładają nowe obowiązki w zakresie hermetyzacji nalewu produktów naftowych, w tym nalewu produktów innych niż benzyny (Rozporządzenie Ministra Gospodarki z dnia 21 listopada 2005 r. w sprawie warunków technicznych, jakim powinny odpowiadać bazy i stacje paliw płynnych, rurociągi przesyłowe dalekosiężne służące do transportu ropy naftowej i produktów naftowych i ich usytuowanie), 
• system Energy Trading Risk Management i zarządzania ryzykiem: system ETRM jest kluczowym elementem umożliwiającym efektywną działalność tradingową oraz zarządzania ryzykiem, ograniczającym w znaczny sposób ryzyko operacyjne związane z transakcjami fizycznymi i finansowymi dotyczącymi obrotu surowcami i produktami oraz zabezpieczeniem kursów walut,
• przeniesienie sterowania instalacjami produkcyjnymi z budynku Centralnej Sterowni do budynku odpornego na eksplozję zewnętrzną. Oprócz skoncentrowania stacji i urządzeń operatorskich w jednym miejscu, inwestycja zakłada budowę budynku szatni dla 290 pracujących na zmiany pracowników trzech zakładów,
• modernizacja instalacji rozdziału gazów płynnych: przedsięwzięcie to ma na celu zwiększenie zdolności produkcyjnej tej instalacji, która z kolei umożliwi zagospodarowanie całej puli produkowanych gazów płynnych do wytworzenia produktu handlowego „autogazu” o jakości odpowiadającej wymaganiom sezonu zimowego,
• budowa rzecznego terminalu załadunkowo/rozładunkowego: ma na celu zwiększenie możliwości i elastyczności logistycznej poprzez transport barkami oraz małymi statkami wysyłanych produktów rafinerii i importowanych komponentów paliw. W wyniku realizacji tego przedsięwzięcia będzie możliwa wysyłka i przyjmowanie niektórych produktów większymi partiami, niż jest to możliwe przy pomocy cystern kolejowych. Uda się odciążyć nalewaki i transport kolejowy oraz uzyskać większą elastyczność pozyskiwania nowych klientów (zagranicznych i krajowych).

Kontynuowane będą prace projektowo-koncepcyjne nad określeniem zakresu dalszej modyfikacji konfiguracji technologicznej rafinerii w Gdańsku, poprzez dodanie instalacji zagospodarowania ciężkich pozostałości po przerobie ropy naftowej. Celem jest ograniczenie do minimum produkcji ciężkich frakcji wpływających ujemnie na rafineryjną marżę. Prace koncepcyjne będą się koncentrowały także na lepszym wykorzystaniu frakcji parafinowej z hydrokrakingu MHC do produkcji paliw i olejów smarowych poprzez zbudowanie nowej instalacji do rozdziału tego produktu i wykorzystanie otrzymanych strumieni produktowych do dalszego przerobu w rafinerii. Będzie to powiązane z kolejnymi opracowaniami zmierzającymi do modernizacji i zmiany sposobu użytkowania instalacji Bloku Olejowego.